MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Chlamydia trachomatis Ia/SotonIa1 plasmid pSotonIa1

Total Repeats: 165

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020962	TGG	2	6	12	17	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020962	TGG	2	6	34	39	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020962	TGG	2	6	56	61	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020962	TGG	2	6	78	83	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020962	A	6	6	111	116	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020962	A	6	6	257	262	100 %	0 %	0 %	0 %	478460346
7	NC_020962	AT	3	6	476	481	50 %	50 %	0 %	0 %	478460346
8	NC_020962	T	6	6	522	527	0 %	100 %	0 %	0 %	478460346
9	NC_020962	T	8	8	580	587	0 %	100 %	0 %	0 %	478460346
10	NC_020962	ATTG	2	8	632	639	25 %	50 %	25 %	0 %	478460346
11	NC_020962	T	6	6	693	698	0 %	100 %	0 %	0 %	478460346
12	NC_020962	A	7	7	726	732	100 %	0 %	0 %	0 %	478460346
13	NC_020962	AAC	2	6	851	856	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478460346
14	NC_020962	GT	4	8	1018	1025	0 %	50 %	50 %	0 %	478460346
15	NC_020962	A	6	6	1117	1122	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020962	TCT	2	6	1147	1152	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478460347
17	NC_020962	TCT	2	6	1164	1169	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478460347
18	NC_020962	ATC	2	6	1194	1199	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478460347
19	NC_020962	GA	3	6	1333	1338	50 %	0 %	50 %	0 %	478460347
20	NC_020962	CCA	2	6	1363	1368	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	478460347
21	NC_020962	TAA	2	6	1456	1461	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478460347
22	NC_020962	TCTG	2	8	1470	1477	0 %	50 %	25 %	25 %	478460347
23	NC_020962	GAAA	2	8	1496	1503	75 %	0 %	25 %	0 %	478460347
24	NC_020962	TTG	2	6	1511	1516	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478460347
25	NC_020962	CCT	2	6	1566	1571	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478460347
26	NC_020962	T	8	8	1612	1619	0 %	100 %	0 %	0 %	478460347
27	NC_020962	AGGA	2	8	1629	1636	50 %	0 %	50 %	0 %	478460347
28	NC_020962	A	6	6	1688	1693	100 %	0 %	0 %	0 %	478460347
29	NC_020962	TGC	2	6	1784	1789	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478460347
30	NC_020962	T	6	6	1838	1843	0 %	100 %	0 %	0 %	478460347
31	NC_020962	GATTA	2	10	1856	1865	40 %	40 %	20 %	0 %	478460347
32	NC_020962	A	6	6	1932	1937	100 %	0 %	0 %	0 %	478460347
33	NC_020962	TGTT	2	8	1962	1969	0 %	75 %	25 %	0 %	478460347
34	NC_020962	ATA	2	6	1989	1994	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478460347
35	NC_020962	TGC	2	6	2097	2102	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478460347
36	NC_020962	GTA	2	6	2136	2141	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020962	ATT	2	6	2165	2170	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020962	GTT	2	6	2182	2187	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_020962	T	7	7	2209	2215	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020962	GTT	2	6	2274	2279	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478460348
41	NC_020962	TCA	2	6	2355	2360	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478460348
42	NC_020962	GCG	2	6	2442	2447	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	478460348
43	NC_020962	ATG	2	6	2492	2497	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478460348
44	NC_020962	GAT	2	6	2545	2550	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478460348
45	NC_020962	GT	3	6	2557	2562	0 %	50 %	50 %	0 %	478460348
46	NC_020962	GAA	2	6	2569	2574	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478460348
47	NC_020962	AT	3	6	2732	2737	50 %	50 %	0 %	0 %	478460348
48	NC_020962	A	8	8	2772	2779	100 %	0 %	0 %	0 %	478460348
49	NC_020962	AGC	2	6	2784	2789	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478460348
50	NC_020962	TTCT	2	8	2808	2815	0 %	75 %	0 %	25 %	478460348
51	NC_020962	TGA	2	6	2847	2852	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478460348
52	NC_020962	AGC	2	6	2892	2897	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478460348
53	NC_020962	TTG	2	6	3008	3013	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478460348
54	NC_020962	ATT	2	6	3019	3024	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478460348
55	NC_020962	TC	3	6	3069	3074	0 %	50 %	0 %	50 %	478460348
56	NC_020962	AGA	2	6	3078	3083	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478460348
57	NC_020962	ATT	2	6	3084	3089	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478460348
58	NC_020962	GAA	2	6	3097	3102	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478460348
59	NC_020962	TTAAT	2	10	3161	3170	40 %	60 %	0 %	0 %	478460348
60	NC_020962	AGA	2	6	3198	3203	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478460348
61	NC_020962	AT	3	6	3284	3289	50 %	50 %	0 %	0 %	478460348
62	NC_020962	GTTT	2	8	3334	3341	0 %	75 %	25 %	0 %	478460348
63	NC_020962	AGGA	2	8	3454	3461	50 %	0 %	50 %	0 %	478460348
64	NC_020962	TCT	2	6	3466	3471	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478460348
65	NC_020962	A	6	6	3565	3570	100 %	0 %	0 %	0 %	478460348
66	NC_020962	TCA	2	6	3598	3603	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478460349
67	NC_020962	GAA	2	6	3637	3642	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478460349
68	NC_020962	TTTC	2	8	3714	3721	0 %	75 %	0 %	25 %	478460349
69	NC_020962	AGC	2	6	3740	3745	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478460349
70	NC_020962	ACTG	2	8	3758	3765	25 %	25 %	25 %	25 %	478460349
71	NC_020962	GTT	2	6	3795	3800	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478460349
72	NC_020962	GGAT	2	8	3834	3841	25 %	25 %	50 %	0 %	478460349
73	NC_020962	AAG	2	6	3934	3939	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478460349
74	NC_020962	TAG	2	6	4030	4035	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478460349
75	NC_020962	GAA	2	6	4098	4103	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478460349
76	NC_020962	ATATAG	2	12	4105	4116	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478460349
77	NC_020962	CAG	2	6	4303	4308	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478460349
78	NC_020962	TTA	2	6	4362	4367	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478460349
79	NC_020962	AACGTT	2	12	4368	4379	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478460349
80	NC_020962	AT	3	6	4391	4396	50 %	50 %	0 %	0 %	478460349
81	NC_020962	A	7	7	4434	4440	100 %	0 %	0 %	0 %	478460349
82	NC_020962	AGA	2	6	4497	4502	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478460349
83	NC_020962	TTC	2	6	4523	4528	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478460349
84	NC_020962	CT	3	6	4533	4538	0 %	50 %	0 %	50 %	478460349
85	NC_020962	A	6	6	4539	4544	100 %	0 %	0 %	0 %	478460349
86	NC_020962	TAAA	2	8	4558	4565	75 %	25 %	0 %	0 %	478460349
87	NC_020962	GAA	2	6	4575	4580	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478460349
88	NC_020962	AAT	2	6	4621	4626	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478460349
89	NC_020962	ATTA	2	8	4629	4636	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020962	ATTT	2	8	4663	4670	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_020962	A	6	6	4683	4688	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020962	ATA	2	6	4751	4756	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478460350
93	NC_020962	AAT	2	6	4797	4802	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478460350
94	NC_020962	ACA	2	6	4810	4815	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478460350
95	NC_020962	AAT	2	6	4873	4878	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478460350
96	NC_020962	TCA	2	6	4879	4884	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478460350
97	NC_020962	TTG	2	6	4985	4990	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478460350
98	NC_020962	TTG	2	6	5044	5049	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478460350
99	NC_020962	AAC	2	6	5059	5064	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478460350
100	NC_020962	TAA	2	6	5076	5081	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478460350
101	NC_020962	AGG	2	6	5130	5135	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478460350
102	NC_020962	CAG	2	6	5195	5200	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478460350
103	NC_020962	ATT	2	6	5203	5208	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478460350
104	NC_020962	GTT	2	6	5230	5235	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478460350
105	NC_020962	TCA	2	6	5290	5295	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478460350
106	NC_020962	T	6	6	5460	5465	0 %	100 %	0 %	0 %	478460350
107	NC_020962	CAAA	2	8	5479	5486	75 %	0 %	0 %	25 %	478460350
108	NC_020962	AAAAG	2	10	5572	5581	80 %	0 %	20 %	0 %	478460351
109	NC_020962	TTA	2	6	5594	5599	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478460351
110	NC_020962	A	6	6	5617	5622	100 %	0 %	0 %	0 %	478460351
111	NC_020962	CAA	2	6	5734	5739	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478460351
112	NC_020962	ATT	2	6	5757	5762	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478460351
113	NC_020962	A	6	6	5811	5816	100 %	0 %	0 %	0 %	478460351
114	NC_020962	T	6	6	5912	5917	0 %	100 %	0 %	0 %	478460352
115	NC_020962	G	6	6	5928	5933	0 %	0 %	100 %	0 %	478460352
116	NC_020962	ACA	2	6	5944	5949	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478460352
117	NC_020962	A	6	6	5992	5997	100 %	0 %	0 %	0 %	478460352
118	NC_020962	TCT	2	6	6034	6039	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478460352
119	NC_020962	ATCA	2	8	6111	6118	50 %	25 %	0 %	25 %	478460352
120	NC_020962	A	7	7	6129	6135	100 %	0 %	0 %	0 %	478460352
121	NC_020962	CAT	2	6	6158	6163	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478460352
122	NC_020962	AAC	2	6	6211	6216	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478460352
123	NC_020962	ATA	2	6	6265	6270	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478460352
124	NC_020962	CCTAG	2	10	6280	6289	20 %	20 %	20 %	40 %	478460352
125	NC_020962	AAG	2	6	6302	6307	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478460352
126	NC_020962	TTG	2	6	6311	6316	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478460352
127	NC_020962	AATT	2	8	6326	6333	50 %	50 %	0 %	0 %	478460352
128	NC_020962	TTCTA	2	10	6357	6366	20 %	60 %	0 %	20 %	478460352
129	NC_020962	TCGG	2	8	6397	6404	0 %	25 %	50 %	25 %	478460352
130	NC_020962	GAA	3	9	6412	6420	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478460352
131	NC_020962	GAT	2	6	6451	6456	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478460352
132	NC_020962	TA	3	6	6478	6483	50 %	50 %	0 %	0 %	478460352
133	NC_020962	T	6	6	6515	6520	0 %	100 %	0 %	0 %	478460352
134	NC_020962	CAA	2	6	6521	6526	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478460352
135	NC_020962	TCG	2	6	6531	6536	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478460352
136	NC_020962	TCT	2	6	6558	6563	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478460352
137	NC_020962	AGA	2	6	6567	6572	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478460352
138	NC_020962	AGA	2	6	6609	6614	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478460352
139	NC_020962	A	7	7	6701	6707	100 %	0 %	0 %	0 %	478460353
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141	NC_020962	A	8	8	6726	6733	100 %	0 %	0 %	0 %	478460353
142	NC_020962	AAG	2	6	6759	6764	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478460353
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161	NC_020962	AT	5	10	7448	7457	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
162	NC_020962	TAT	2	6	7459	7464	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
163	NC_020962	AT	6	12	7463	7474	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
164	NC_020962	GATTT	2	10	7480	7489	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
165	NC_020962	GA	3	6	7493	7498	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.